第一，因公共利益被征收而终止。在我国法律中，明确规定为了公共利益，在给予当事人一定经济补偿的前提下，可以对土地进行征收。但是鉴于墓地文化的特殊性，被占用以后，必然面临迁坟的问题，并且由于墓地存放遗骸、寄托哀思的特殊作用，在进行补偿时，要充分考虑精神损失，以区别简单的经济利益补偿。
第二，因期限届满而终止。依据《公墓管理暂行办法》中的规定，对于经营性公墓以20年作为一个周期收取墓穴管理费，而墓地具体的使用期限则与建造墓地的土地的使用年限一致。在相关立法中，依然找不到关于农村公益性墓地使用年限的具体规定。有学者主张可以依照经营性墓地的相关规定，确定农村墓地的使用年限，缓解农村墓地资源紧张的情况。
第三，因不履行义务而终止。权利和义务一直以来都呈现出“一体两面”的性质。赋予墓地使用权人一系列权利，必然要求其认真履行应尽的义务。农村公益性墓地一般需要专门的管理机构进行看管、养护修缮、生态绿化等维护性工作，墓地使用权人有义务按时缴纳一定的管理费；另外，在排除他人干涉自己权利行使的同时，墓地使用权人也必须承担一定的容忍义务，在法律法规规定的范围内，不妨碍他人利益和公共利益的前提下行使自己的权利。对于墓地使用权人长期不履行义务的行为，集体经济组织在说服教育、责令改正等措施都无效的情况下，可以收回其公益性墓地。
